Bahagian Pengurusan Halal (BPH) JAIS bermula sebagai satu unit kecil yang menguruskan hal ehwal halal di bawah Bahagian Penyelidikan dan Pembangunan JAIS.

Secara ringkasnya, Bahagian Pengurusan Halal JAIS bermula sebagai sebuah jawatankuasa berkaitan kajian makanan pada tahun 1990, berkembang menjadi Unit Halal pada tahun 2002, dan akhirnya dinaik taraf sebagai sebuah bahagian yang berdiri sendiri pada 1 Ogos 2015 bagi menguruskan pensijilan halal, pemantauan, pembangunan industri halal dan penguatkuasaan berkaitan halal di Negeri Selangor.